自来也得知“晓”首领佩恩及成员小南的真正身分，原来是自己在雨隐村所收的学生。
从前大蛤蟆仙人亦曾对自来也预言他会收一个独当一面的孩子为徒，而这孩子会为忍界未来带来改革或破坏，那时他就被迫要作出“选择”。
初时自来也以为眼前的敌人佩恩，就是预言中的变革者，作出“选择”（把这个试图使世界陷于纷争的的神论者杀死）的时刻也已经到了。
故一场师徒之战一触即发。
虽然自来也使出浑身解数，及召来两位蛤蟆仙人（深作及其妻）相助，可是佩恩“六道”人数众多，加上自来也一时大意，不幸惨败。
但最后牺牲自己查出了佩恩“六道”的真正身分（除了他的学生弥彦外，还有来自其他忍村的五位忍者，俱有轮回眼）。
临终前他回忆起跟波风水门及漩涡辛玖奈的对话，及从自己著作《自来也豪杰物语》中为他们的儿子取名字曰鸣人；又回忆起自己一生失败之事，并省悟出鸣人才是预言中的“命运之子”，因鸣人也正有那种绝不轻易放弃的毅力。
他要求仙人把最后的遗言带回木叶隐村，佩恩“六道”也向自来也扑去，自来也被击沉于水中，而仙人则成功逃回木叶。
纲手得知自来也死掉的消息后,伤心不已,由此得知二人是多么信任。
