话说明朝开国初年，天下方平，民心未稳，北有前元作乱，南有明教残毒，朱元璋寝食难安，意欲扫除余孽，一统天下。
遂广设锦衣卫，督察朝野，采集民情，并亲赐“天龙宝剑”给军师刘伯温，令其以退休国师之身份，名为辞官归隐，实乃巡游江南，微服私访，告之曰：“天龙宝剑如朕亲临，遇贪官污吏可先斩后奏，贤能侠士可授予官职”。
临行，刘伯温为大明江山卜算几卦，嘱咐几句，遂开始了其颇具传奇色彩的江南巡行。
遇英雄结伴江南行
且说刘伯温出了大殿，行将远涉江湖。
忽掐指一算，恐朝歌日久生变，深为君王安危担忧，欲回殿示警，然守卫森严，答曰：“奉皇上口谕，吾皇休息，任何人不得入内打扰”，只好作罢。
步出皇宫，卫士云：“刘国师已归隐，既无官衔，不得入宫”。
刘伯温长叹一声：“罢了，多思无益，南巡去也”……
都市真个繁华，烟柳画栋，风帘翠幕，参差十万人家，市列珠玑，户盈罗绮。
叫卖声、嘶闹声，菱歌箫鼓，竟比豪奢。
刘伯温满城巡行，见人民富足，甚是欣慰。
正笑意间，忽有张氏妇女啼曰：“妾夫客死异乡，无银安葬，今愿卖身葬夫，恩公可愿出十两黄金?”刘伯温悯其悲，感其情真，遂赠予50两黄金，嘱其好生安葬亲夫，回乡安顿，张氏拜谢而去。
眼见天色不早，刘伯温投宿客栈。
次日方下楼，便闻有客官曰：“林虎乃城中首富林家新过门的姑爷，林家为本城步政使，颇具势力”，另一酒徒曰：“吾与当朝胡丞相沾亲，汝今识我，乃尔福也”。
刘伯温正寻思这芸芸众生，无所不有，一壮士慨叹：“吾父毕生研究字义，竟无一知己，今有一绝谜，射中者酬以百金……”，众皆哗然不睬，恰林虎至此，其人不知深浅，欲解此迷，然百思不得其解，加之壮士讥讽之下，黔驴技穷，恼羞成怒，欲强辞加罪于壮士。
一清秀和尚出头争辩，林虎理屈，喝令家奴行凶捉拿二人。
壮士一身武艺，一招“力劈华山”，唬得林虎等人狼狈逃窜。
刘伯温见二位英雄侠义，一心想收此二人为我朝所用，于是上前寒暄，得知壮士名为古震，和尚俗名方泽，互通称谓后相约结伴南巡。
行至城门，守卫曰：“林老爷正在通缉一干人犯，任何人不得出城”。
刘伯温暗思，这一干人犯岂不就是二位英雄?急忙折回城中，恰遇昨日欲卖身葬夫的张氏，张氏急曰：“林老爷欲对恩公不利，恩公可速往秘道出城”，并念出一段字谜，暗示出城秘道所在，并赠予“乾卦”一付。
刘伯温略作思索，得知秘道入口为一古井，方位面向药铺，进秘道后只需依循“应左而右，应右而左，遇烟则进，遇火则退”便可出城(此处有一分支剧情——当刘伯温结识方、古二人后，继续在酒店留宿三天，出店时会被林老爷带人围住。
林老爷认出当朝国师，心下惊惧。
刘伯温自陈已告老退休，并规劝林老爷管教其婿。
林虎闻听刘伯温已无实权，不由得恶从心生，率人上来行凶。
击败林虎后刘伯温亮出天龙宝剑，代天降旨，削去林老爷官职，财产充公，但也因此露了行踪，以后多有仇敌袭击)。
出得城来，一行人赶往南方。
登上武当山，过八卦阵，于后山小屋拜会刘伯温之好友张三丰道长。
彼此叙旧之余，谈及梅霞山龙脉，刘伯温决定一寻龙脉，于是一行人辞别武当东行。
下山不久，便有无数土匪打劫，三人深入匪巢，欲讨回公道。
不巧，匪人三位当家不在，小首领大败，让刘伯温等留下个万儿，日后好有交代。
梅霞山龙分天地人
出了匪巢，前行不久进入梅霞山区。
忽见一野兔奔过，方泽、古震欲前去捉兔充饥，刘伯温见此处龙气升腾，取下“天龙宝剑”交予二人护身。
二人追至一空地，正遇地龙灵现，不料自己也被击晕。
一个时辰后，刘伯温发现二人仍未归来，袖占一卦，得知古、方二人有险，又查出此处山水相交，实属龙虎交汇之地，必暗藏金龙奇穴。
再说方、古二人昏倒多时，只有古震醒来。
刘伯温告知古震，方泽撞龙之时为龙气应天灵地气之交，地龙摆尾之时，所受正面龙气多古震十倍不止，唯有一个月内得至寒之物，再以天龙宝剑之至阳正气才能导之以正。
且因能惊地龙使之灵动者唯有人龙，故刘伯温推算方泽必是人中龙凤，与大明国运有重大关联，不可不救。
当下命古震北往长白山，去寻取传说中的“雪龙珠”，自己留看方泽病情，助其导气以拖延时日。
并又卜得一卦，嘱咐古震此行须谨慎小心，凡事三思后行。
古震得令，由北方出城，不日到达龙潭县。
探仙境乾坤一念间
古震一路问去，得知龙潭县历来富足太平，寻思若非急需救治方兄弟，定要在此查个水落石出。
正行间，遇一卖花儿童，年幼丧父，替母卖花挣钱糊口，怜其命苦，卖花一束，嘱其速回家去，儿童答曰：“花未卖完，不能回家”，于是尽数卖下，问其何处采得，儿童喜笑曰：“今日天晚，我要回家为娘做饭，明日再来此处”。
于是歇息一晚，一早起来，儿童至，告知古震县东北有一人间仙境。
好奇往之，不慎落入地洞，发现洞内别有天地，真乃仙境也。
环视，见太乙真人遗骨，旁有“残缺神功”和“残缺刀”及“坤卦”，操刀习之，果然厉害!掩埋真人遗骨，出洞打听渡江船家。
一方姓员外曰：“镇内原有五个船家，因得罪河神，江面艰险，只剩镇北小屋老李一家了”。
遂前往询问，一夫人告之，如今不太平，决不轻易出船。
遍寻未果，忽见河边有一老汉，往问之，老汉曰：“今日不适，明日方渡，如若今日非要渡江，客官可愿亲自撑船?”是与否，古震一时不知如何回答。
(此时需要玩者作出选择，不同的选择将影响古震今后的经历，玩家可尝试不同的剧情，直到治愈方泽后，剧情才重新回到同一线索上。
好了，花开两朵，先表一支——假设古震回答“是”。
)
古震心想，救方兄弟要紧，再大的风浪，舍命也要取回“雪龙珠”，于是独自撑船而去。
船至江面，忽漏水沉落，古震一招“大鹏展翅”跃上江岸，遇一队官兵挡住去路，道是元兵作乱，关隘已封。
古震无奈，只好先回去禀明刘老爷子。
回到县外渡口，遇一红颜李仙柔，二人结伴乘船回县，因渡船被歹人击穿，遂弃船游至江边。
古问李如何能回县上，李告曰伐竹为排可回。
回镇后径去客栈，如实禀告老爷子。
刘伯温道：“此乃天意，只好去找华佗了”。
古震一惊，心中诧异——莫非要去三国?!但见刘伯温招来一纸鹤，纸鹤翩翩，飞入一户人家——竟是李仙柔家，她爹爹病了，正好可同去求神医治疗。
刘伯温问道：“你家可有秘道?”李答曰：“有，但从未用过，随我来”。
三人进入秘道，刘伯温曰：“此乃仙家‘乾坤洞’，可洞察上下五千年”。
洞口遇奇门遁甲神，刘伯温自陈来意。
原来刘伯温上应天界紫微星，乃紫微星君转世，诸神都须敬他三分。
然奇门遁甲神乃奉玉帝旨镇守于此，光凭交情不动武断不能入洞。
刘伯温小试法术取胜，奇门遁甲神回天庭复命，刘伯温口诵法咒，乾坤洞开，今古融汇……日转星移，地换天变，竟然回到了战火纷乱、尸横遍野的三国时代。
为防瘟疫，刘伯温令古、李二人服下“补中益气汤”。
同时告诫二人不得泄露将来之事，否则颠倒乾坤，人世间必有大祸。
进入新野城中，欲拜访刘备，守卫拒之。
古震曰：“大胆，天龙宝剑在此，还不速速闪开!”。
守卫大笑：“汝等何人，开此玩笑，吾只听说过曹操有倚天剑，却不曾听说过‘天龙剑’，汝等快快离去!”。
于城中闲逛，遇百姓告曰：“欲见主公，须有贤人推荐信”，问：“城中谁为贤者”，曰：“城西石广元”。
逐往城西会石广元，却见石广元正闹一怪病，脚肿异常。
刘伯温诊脉推断乃是脚气病，用大豆、小豆和牛奶便可医治。
石广元病愈，立即手书一信，刘伯温凭此信得见刘备，在县衙一睹刘、关、张及徐庶、周仓、关平、刘封等古人风采。
刘伯温提醒刘备需体恤民情——当前新野百姓正疾病丛生，患者死者不计其数，需急召名医华佗前来普救百姓，以安民心。
刘备闻言欣然应允，即刻派人去请华佗。
三日后，请来神医华佗。
刘备因忙于三顾茅庐，分身乏术，故将此事全权交于刘伯温作主。
刘伯温乘暇将方泽病情告知华佗阳之会即百会穴处，挤出瘀血方可。
然配制“麻沸散”尚缺曼陀罗花，一行三人只好出城寻花。
忽遇曹仁等三员魏将正在围攻赵云，刘伯温携古震一同加入战团，助子龙击退来敌。
赵云指点众人去前方森林寻花。
顺道前行，两名山贼挡在道间，击败他们得知前方林中有曼陀罗树，但其中常有龙影，故无人敢入内。
三人进入林中，但见一人，竟是卧龙先生诸葛孔明。
刘伯温上前与孔明寒暄，孔明见来人谈吐不俗，必是高人奇士，便向刘伯温请教八阵之法。
刘伯温道出八阵玄机，二人切磋良久，相谈甚欢。
孔明依河洛之数，三日后布成一八阵迷宫，李仙柔、古震依“左进右出，右进左出，出右进左，出左进右”之法走出八阵图，得孔明“马前歌”(全体智力增加)。
随后于林北采得曼陀罗花，回见华佗，配成“麻沸散”。
李仙柔亦将其父病情告知神医，神医诊断为“尸厥症”，取一剂草药交予李仙柔，令其将药温热敷于病人两胁下，同时以针刺“百会穴”，病可痊愈。
之后华佗又与刘伯温谈论医理良久，临别将其钻研多年之绝学《五禽戏》传于古震，并送众人三颗灵药“华佗丹”。
至此，三人此行目的已达，遂流转时空，回到明朝，刘伯温依华佗妙方治愈方泽与李老爹之症。
李老爹知刘伯温乃当朝国师，便说出心里话：“龙潭县是安详之地，然数月前一批江湖人物控制此县，并强迫县民到县东小岛上采矿。
因怕县民逃走，他们封锁江面，凡坐船出此县者，多没于江中，并假传江中有蛟龙。
老夫上次原欲将内情告知古兄弟，但因不知古兄弟底细而作罢”。
刘伯温听罢即开始调查此事。
(话说回来，当老船家问古震是否愿独自撑船过江时，假设古震答“否”。
)
古震暗想：“吾不谙船术，还是明日渡江吧”，遂扶李老爹回家。
结识李老爹之女李仙柔。
次日，李仙柔为能医治老父所患重症，也随古震同去长白山采药。
船刚靠岸，便遇一队官兵挡住去路，道是元兵作乱，关隘已封。
李仙柔拿出在员外家门前所拾之胡丞相令牌，令官兵退去。
两人出关北，行至两山间，不慎跌入一密洞，遇见西藏密宗红教喇嘛。
大喇嘛请求古震出手帮忙对付邪龙。
原来那邪龙乃是陈友谅化身，只其死后三界不收，恶灵不灭，数年后吸天地灵气，遂成龙形。
成形不久便到处吞食人兽，曾被密宗红教八大法师合力困于洞中。
那邪龙又蠢蠢欲动……因古、李二人不是红教中人，闯入长老居地不违教规，故大喇嘛请求二人去寻长老，争取习全密宗九式手印，除去邪龙。
二人当即应允，通过三长老层层考验，终于学会九式手印。
随即来到邪龙洞中，合力施展手印，制服邪龙，并取得“雪龙珠”。
那陈友谅化身之邪龙死前将毕生功力与千年真元传给他三个儿子，看来恶根尚未除尽，将来仍有一场苦战……二人带着雪龙珠回到龙潭县，与李仙柔分手后古震见刘伯温复命。
刘伯温以雪龙珠治愈方泽与李老爹的病症。
之后，李老爹将县中怪事告知众人，刘伯温遂带着古震展开调查。
灭匪巢智破水源案
刘伯温与古震同去见方员外，一语不和，员外欲抓二人为奴，送往小岛，二人正愁无机会登岛一探，于是束手被缚，押往小岛。
在县东岛上，从县民口中得知方员外先前为人不错，但自从改葬其父后，性情大变。
且此山基石不稳，常有坍塌。
正在此时，山崩复发，多人被埋于矿内，方员外之子大宝、二宝皆掩其中。
刘、古二人赶来，方员外哭诉曰：“但求先生救命，吾愿痛改前非，散尽家财，以赎前罪，只望保吾幼子一命!”刘伯温知其本非残暴之人，其所为残暴之事原是受一风水方士之盅惑，且其暴行已遭天谴，便教他二条解救之法，助其渡过此劫。
但观方员外面相吉凶参半，日后福祸如何尚在于平日修为。
十日后回到方员外家，管家来报，那风水师携三五人又来兴风作浪。
于是刘、古二人赶去制止，打败风水师后，得知是胡丞相令人在此采运硝石，已三次运往梅霞山，目的不明。
刘伯温饶那方士一命，几人仓皇而去。
方员外随后赶来，忽见有蛙群藏身于坟穴，便命下人举火烧其巢穴。
刘伯温感叹曰：“方员外于祖坟处杀青蛙一族，日后子孙虽富贵，但不久必有灭族之祸，此诚天意如此，实不可违也”。
镇上之乱已平，刘伯温返回李老爹家。
告之其世代单传、历尽穷苦，皆因祖坟风水不佳之故。
于是择日、择时辰于匪巢寨后地龙出没之地为李家点穴改风水。
忽然天昏地暗，莫非李家本无此福份或此宝地已有所属?细问李仙柔，方知李家祖姓毛，因避战祸改姓李，遂为于其墓穴旁寻得“坎卦”、“离卦”。
回到镇上，得知小孩家境好转，李老爹也收了义子，众人甚是高兴。
次日，刘伯温告辞曰：“毛老爹一族，日后必当大富大贵。
老夫心愿已了，需追查硝石之下落，便在此告辞。
”仙柔姑娘请求同往，刘伯温欣然同意，遂携古、方、毛三年青人离开龙潭县，赶奔梅霞山。
匪巢三位当家青面龙、赤蛟龙、火云龙便是陈友琼三子，现已收到其父邪龙临终前传送的三件法器，回到寨中，杀气腾腾，专等刘伯温一行到来，一来为报挑寨之耻，二来为报父仇。
不日，刘伯温一行已至梅霞山山寨，先后击败二名首领及五位护法，进入寨内大厅，大战三位寨主。
斗法中三名寨主合体化为三头龙，天龙宝剑乃至刚之物，不敌此等阴功。
刘伯温为救众人，以奇门遁甲之术渡大家逃难，自己身负重伤，所幸少林僧了空赶到，出手救众人至野外草原。
刘伯温推知此龙原是青龙星之元神寄在三位寨主身上所化，属阿修罗界，唯有以灵力打败。
了空告诫曰：“唯有佛家至阳至圣之‘舍利子’，方能克制青龙”。
于是一行人在西北风尽，东南风初起时，冒险进入西北方三界塔内，打败人界、修罗界守护，登至最高层，对仙家说明来意。
仙家曰：“唯能拔下石中剑之有缘人方可得到‘舍利子’”。
于是由方泽拔去石中剑，得到“舍利子”及一“震卦”。
此后众人与了空和尚再会，一同赶往梅霞山山寨。
了空本欲排解此番纷争，超渡青龙星元神，怎奈青龙一意要报当年朱元璋一箭之仇，无奈之下了空使出万字大法，古震施展密宗手印，方泽与毛仙柔各持两颗舍利子，刘伯温施奇门遁甲之如来八法联合降服青龙，并得“巽卦”。
青龙临死前说道，虽不能亲手取下朱元璋首级，却要诅咒当今太子不得好死。
刘伯温忽忆起昨日夜观星象，帝星旺，太子星坠，唯西南方可解太子之厄，遂领众人前往西南方之安富县。
到达安富县，近晚先投宿。
次日，闻县民曰本地水源危机。
遂晋见知县，得知本县与上游清平县因水源而发争端，已有数人失踪。
刘伯温嘱县令出榜安民，自已一行人前往清平县调查。
西行至清平县，于客栈中被疑为外地不良之徒，抓去县衙，被宋知府训斥一番，责令赶出清平县。
刘伯温感觉事有蹊跷，便在清平县找寻水源，以期查出真相。
从一小妹妹口中得知水源已被知府派人封死，但在县北一水井旁往北三步有一秘密入口。
刘伯温依言寻去，从秘密入口走入通道。
行至水源入口，却遇两头猛虎。
打死大虫后得“兑卦”一付。
继续前行，发现水源充足，只是被人改道，流入一山洞，仅剩一小支流流向清平县及安富县。
至洞口，方泽与仙柔抢先进山洞，许久未见出来。
刘伯温掐指一算，并无大碍。
进洞寻找，发现血迹。
一路追查，发现又一秘道，正山穷水尽，有锦衣卫拦住去路，杀将过去，欲问出端倪，锦衣卫咬舌自尽。
刘伯温暗想：“朝野能调动锦衣卫者，屈指可数，主使必不简单”。
进一步深入，又有弓弩队挡道。
追杀过去，发现引水进洞原是为冷却铸剑锅炉，宋知府竟也在此督造兵器。
听宋知府之言方知，原来当朝胡丞相有一“猎龙计划”，妄图颠覆朝廷。
刘伯温擎出“天龙宝剑”，杀败宋知府，救出方泽和仙柔。
不料一蒙面黑衣人骤然现身，突下毒手，以涂有苗族血虫之飞镖射伤方泽，乘乱救走宋知府。
古震忙解开方泽衣服以察伤情，却发觉方泽原是女儿家，本名云若水。
刘伯温诊断得知虫毒已被种在任脉上，若蔓延至膻中穴，则必死无疑。
众人立即起身赶往苗族寻求解治，途经安富县，因水源问题已解，安富知县引全县百姓答谢刘伯温，赠厚礼及“艮卦”一付，至此八爻卦到齐，组成八卦镜，卦神显灵，四人功力尽皆大增。
访苗疆除患定乾坤
一行人返回清平县客栈，见一大婶，曰苗人在西南山境，只能从县北山洞过去。
进入苗境，一苗女指点去找族长。
族长给一信物，请刘伯温带予隔壁大祭师。
大祭师问明原由，道：“会此血虫者，唯吾与师兄冷孤傲，因血虫太过毒辣，吾从未用过。
师兄贪恋富贵，十年前已离开师门，此等手法必是师兄所为。
欲解此毒，须祭坛中之避血丹”。
众人从大祭师处取得母牛胎盘，来到祭坛，打败守坛小鬼，得到“避血丹”，交予大祭师。
大祭师以避血丹配合蒜头及黑狗血，将云若水体内虫毒除去。
他便是冷孤傲，亦是*相胡惟庸一党，为虎作伥，痴望替胡打下江山，作一代开国功臣，可笑一枕黄梁未醒，便梦断天龙剑下。
除此大患，刘伯温思量：“胡丞相在外诛杀吾等，恐对皇上不利，且太子星坠，宜速回宫”。
遂领众人急回朝歌，参见圣上，知太子病故，太医被杀。
正欲道出“猎龙计划”阴谋之详情，朱元璋笑曰：“朕早已洞察一切，此计划正是朕所督导。
朕已在胡惟庸府内安插眼线，此计划实施之日便是乱党丧命之时”，闻此言刘伯温才放下心来，遂又向皇上引荐古震等人。
几位侠士叩见皇上。
朱无璋发现云若水颇像当初战乱时失散的妻子，又见她拿出其母所留玉佩，方知云若水竟是自己失散多年的女儿，此刻父女终于团圆。
隔日，皇上封云若水为红云公主，并收毛仙柔为义女，封紫云公主，封古震御前四品带刀侍卫，封毛仙柔父亲为龙潭县知府。
刘伯温经一路细察，早已洞悉郎情女意，遂奏请皇上恩准，赐古震为驸马，与红云公主、紫云公主择日完婚，皇上欣然应允。
刘伯温见天下已定，宇内祥和，意欲功成身退。
朱元璋见其去意甚坚，不便强留，遂准予刘伯温次年告老还乡。
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