巢湖位于长江水系的下游。
湖水主要靠地面迳流补给，流域面积为12938平方公里，其中巢湖闸以上9130平方公里，闸以下3808平方公里，集水范围包括合肥，巢湖、肥东，肥西，庐江，舒城县、无为县等两市五县。
灌溉面积达400多万亩。
沿湖共有河流35条。
其中较大的河流有杭埠河、白石天河、派河、南淝河、烔炀河、柘皋河、兆河等。
入湖河流呈向心状分布，河流源近流短，区内地势起伏不平，表现为山溪性河流的特性。
巢湖水系分布很不对称，杭埠河、白石天河、派河、南淝河、烔炀河，柘皋河等主要河全来自西部及北部的山地，其中以杭埠河、白石天河、南淝河为巢湖水系的主流，约占整个巢湖流域面积的70%；南部的河流更短，水量也小，有石山河、谷盛河、兆河、十字河、高林河等。
巢湖水系之水从南、西、北三面汇入湖内，然后在巢湖市城关出湖，经裕溪河东南流至裕溪口注入长江。
南淝河，发源于肥西县长岗乡，经董铺水库、合肥市区、肥东县建华、圩埂、唐小郢、杨墩、三汊河、板桥至施口入巢湖，全长65公里，流域面积1618.5平方公里。
其中合肥市芜湖路桥至施口30公里可以通航，是合肥市的唯一水运通道。
南淝河大小支流有13条，主要支流有四里河、上板桥河、店埠河、长乐河等。
派河，发源于肥西县中部周公山，李陵山等丘陵地带，河道自西北向东南流经城西桥、上派、中派、下派入巢湖，全长48.9公里，流域面积584.6平方公里。
河床上游弯窄流急，下游宽直流缓。
枯水季节水深1米，主要支流有苦驴河、梳头河、王老堰河、滚子河、古埂河等，多为季节性河流。
上派至河口常年通航。
杭埠河，属天然河流。
源于岳西县主簿园，自西南向东北流经舒城县龙河口、马家河口至将军垱，下经庐江县境广寒桥于王四六渡下（左岸为肥西县），在大潭湾与丰乐河合流，汇新河再入巢湖，全长139公里。
流域面积2070平方公里（不包括丰乐河）。
白石天河，又名白山河，发源于庐江北部金牛丘陵地带，向东北至三汊河左汇牛首河，再向右拐汇罗埠河，经南灵北注入巢湖，全长57公里，流域面积843平方公里。
白石天河系天然砂质河流。
自高山尖至石头镇36公里称金牛河。
石头镇至白山河口21公里称白山河，河道弯曲浅窄，上游泥沙流失严重。
兆河，属人工河流。
原名操河，又称皂河、马尾河，全长13.6公里。
清李恩缓《巢湖志·河汊》载；皂河在巢县马尾河内，相通可十数里，为曹操所开，水入巢。
柘皋河，唐宋时名石梁河，后随柘皋镇兴盛而改称柘皋河。
源于桴槎山东雒，流经柘皋镇，至河口村入巢湖，全长37公里，属平原河流，沿线有夏阁河、中垾河汇入，流域面积540平方公里。
丰乐河，古称桃溪，清代称后河，又名界河。
全长117.5讼里，流域面积2080平方公里。
有南、北、中三源，均出六安境。
原与杭埠河汇合，后向东延伸至大潭湾汇合，注入巢湖。
塘串兆河，位于庐江县东北，流向由南向北，是沟通黄陂湖、白湖、巢湖的枢纽水道。
河分三段：由缺口大桥下至白湖一段叫塘串河(原名大缺口、麻线河、荒草沟、塘缺河)约5公里；塘串河至姥山颈一段叫新河(系白湖垦殖后新开河)，纵穿白湖农场，长15公里；自姥山颈至马尾河口一段叫兆河(原名皂河，系人工河)，长12公里，是庐江与巢县的分界线。
支流长河(又名盛桥河)，源出二蛟子山，由西向东经盛桥镇入兆河，长21.5公里，集流面积85平方公里。
顺港河源出东顾山东麓，过蜃山经董湾入新河，长11公里。
白湖的东环圩河环绕东大圩，南北两端分别与新河相汇，长21.3公里；西环圩河环绕西大圩，南北两端分别与新河相汇，长23公里。
东西环圩河，既是泄洪道、航运线，又是白湖农场与周围县的界河。
谷胜河，横穿庐江县许桥乡境，源出牌楼附近的无名山，系一独立小河，由西南向东北流入巢湖，全长8公里。
建国1949年10月1日后对巢湖鱼类的资源进行了三次调查，1963年收集鱼类标本83种，1973年收集鱼类标本67种，1980年收集鱼类标本78种。
到20世纪90年代为止，已知巢湖共有鱼类94种，隶属1目、20科。
巢湖主要名优水产有银鱼、秀丽白虾、湖蟹，三者被誉为“巢湖三鲜”。
另外在鱼类资源中，湖鲚主宰着巢湖渔业的产量。
红鲌、“四大家鱼”、鲤、鲫等鱼类都是巢湖优质鲜群种。
1、银鱼
巢湖所产的银鱼主要是大银鱼和太湖短吻银鱼两种，另外尚有为数不多的长江银鱼。
银鱼是巢湖定居性鱼类，古称“脍残鱼”、“王余鱼”、“白小”等，巢湖银鱼历来被誉为“鱼类皇后”，它不但体形体色美观，且骨软无刺、鲜嫩可口、营养丰富，颇受国内外消费者的好评。
20世纪70年代以前，巢湖每年产银鱼50～80吨。
70年代后期，由于采取了调整捕捞期，改革渔具渔法，保护产卵亲鱼等措施，使银鱼资源逐年增长，1985年产量达275吨。
巢湖银鱼的冰冻小包装，还出口德国、美国、日本等国。
2、湖鲚
是巢湖重要的小型经济鱼类，历来在巢湖鱼类总产量中占很大比重。
湖鲚游速甚快，肉细嫩，肥而不腻，与鲥鱼各有千秋。
每年6至7月是湖鲚繁殖盛期。
幼鱼生长速度很快，3个月左右可长大成鱼，所以捕捞生产主要集中在10、11两个月。
湖鲚除少量鲜食外，大部分晒制成干品运销全国各地。
3、翘嘴红鲌
翘嘴红鲌是巢湖大型经济鱼类的优势鱼种，其产量占巢湖大鱼总产量的38～50%，是构成巢湖大鱼产量的主体鱼。
自20世纪60年代起，由于“酷捕滥捞”，“白鱼”资源显著减少。
巢湖开发公司成立以后为提高“白鱼”产量做了大量的研究工作，1981年人工繁殖“白鱼”，获得成功，为增殖“白鱼”资源，开发巢湖水产开辟了新的途径。
4、湖蟹
湖蟹，学名中华绒螯蟹，又称江蟹，俗称“螃蟹”、“毛蟹”，是巢湖名贵水产之一。
巢湖建闸前，每年春季大批毛蟹幼苗经裕溪河入湖生长。
自20世纪60年代裕溪闸和巢湖闸建立以后，幼蟹回游受阻，不能进入巢湖。
1972年以后，巢湖开发公司每年向巢湖人工投放蟹苗和幼蟹，使巢湖的湖蟹仍能保持一定的产量。
由于长江口蟹苗资源的日益枯竭，巢湖的湖蟹生产濒临危机。
进入20世纪80年代，水产科技工作者，在人工繁殖蟹苗方面已取得了重大突破，特别是安徽滁县水产研究所的人工淡水蟹苗育种已获得成功，给巢湖的湖蟹生产带来了生机，巢湖每年产蟹约15～30万斤。
5、秀丽白虾
秀丽白虾简称白虾，俗称巢湖白米虾，是巢湖水产中的珍品，在巢湖的虾类组成中，约占80%以上，为优势种群。
白虾壳软肉嫩，其味鲜美，由于它分布于敞水湖区，产量高，又是巢湖许多鱼类的重要饵料。
巢湖白虾年捕获量约百万斤左右。
20世纪60年代，巢湖白虾曾运销国际市场。
巢湖白虾能够加工制成虾干、虾米，白虾的籽可以加工成虾籽。
虾米又叫湖米，巢湖是中国湖米的主要产区之一。
巢湖沿岸有大面积圩区的水田和沼泽地，冬季和春季以扇尾沙雉、凤头麦鸡和红脚鹤鹬为优势种；白腰草鹬、林鹬、青脚鹬、泽鹬、乌脚滨鹬、尖尾滨鹬、红嘴鸥等为常见种；苍鹭、大白鹭、赤麻鸭、灰斑鸻、大沙雉、针尾沙雉等为稀有种。
夏季以池鹭为常见，偶见小白鹭、剑鹭、灰头麦鸡等。
天气正常的情况下，在裸露的湖滩浅水处有大量的水鸟活动，但种类不多，以环颈鸻、红嘴鸥为优势种；苍鹭、扇尾沙雉、白鹡鸰、银鸥为常见种；黄鹡鸰、凤尾麦鸡为稀有种。
风浪较大时，湖滩及浅水处很少有水鸟活动。
夏季由于雨水渐多，入湖河水量激增，湖水显著上涨，湖滩面积骤减。
在有限的裸露湖滩上只能见到大量的金眶鸻和少量的鹡鸰。
芦苇荡中则只见到大量的大苇莺，偶见苇鹀。
湖区水面水鸟甚少，只偶见少数鸭类。
但在鸭类迁徙期，可见大群野鸭在湖面活动。
冬季湖区水面上空，尤其是湖湾港汊上空有大量在此越冬的红嘴鸥和银鸥。
